Dzieje parafii Żernica liczą ponad 700 lat. Korzenie jej zostały osadzone na kulturach plemion celtyckich, germańskich i słowiańskich, napływających na Śląsk w ciągu wieków. W najstarszych dokumentach, nazwa Żernica, pojawia się jako Sirdniz (1274) oraz Ziernik (1279). Być może nazwy te odnosiły się do słowiańskich słów „ziarno” lub „ściernisko”, co wskazywałoby na obecność w pradawnych czasach uprawnych pól pośród dziewiczych lasów. Natomiast legenda mówi o poszukujących jedzenia osadnikach z Schonwaldu, którzy, nic nie znalazłszy, mieli rzec: „Nic do jedzenia, żadnego żeru”. Stąd Żer – nic. Po przybyciu kolonistów niemieckich do wioski, nazwę poszerzono i zmieniono na Deutsch Żernitz. Słowiańskie korzenie ma nazwa należącej do parafii wioski Nieborowice. Nie należała ona do tzw. „leśnych wiosek” rudzkiego klasztoru. Stąd jej nazwa „nie borowa wieś”. Według innej wersji, ze względu na nieurodzajną i piaszczystą glebę osady, zwano mieszkańców „nieborakami” czyli biednymi ludźmi. Oddzielenie części dawnej parafii stanowiły dwie kolonie: Ungerschutz (od 1945 Zalesie) i Mausenberg (Mysia Góra). Nazwa pierwszej pochodzi prawdopodobnie od nazwiska jej właściciela. Podania mówią zaś, że nazwa Mysiej Góry wzięła się od licznych myszy, które w porze deszczowej szukały schronienia na wyżej położonej górce.

W 1264 roku książę opolski Mieszko II udzielił prawa osiedleńczego kolonistom z Żernicy (na okres 30 lat). Odtąd wioska stała się mieszanką ludności słowiańskiej i niemieckiej. Do 1274 roku właścicielem Żernicy był prawdopodobnie strzegomski hrabia Gniewomir. Odsprzedał on prawa do odziedziczonej posiadłości hrabiemu Stefanowi von Zernitz, wyższemu urzędnikowi leśnemu księcia, który to zadbał o przedłużenie praw osiedleńców na wieczne czasy. Istnieją przypuszczenia, że już około 1200 roku w Żernicy istniał kościółek. Jednak dopiero w 1279 to rok, od którego datuje się istnienie parafii. W 1283 roku opat rudzkiego zakonu cystersów - Bartłomiej, zawarł układ, na mocy którego parafia Żernicka stała się fundacją klasztoru w Rudach. W latach 1425 - 1430 Górny Śląsk spustoszyli Husyci; nie oszczędzili także Żernicy. W 1261 roku w trakcie trwającej wojny trzydziestoletniej, uległ spaleniu kościół w Nieborowicach. Prawdopodobnie od tego momentu stają się one części parafii Żernica.

W 1648 roku opat Andrzej Emmanuel wzniósł w Żernicy nową, drewnianą świątynię, która zachowała się po dzień dzisiejszy. Konsekracja kościoła odbyła się jednak dopiero w 1661 roku W protokole wizytacji z 1679 roku nadmieniono, iż wioska może poszczycić się księdzem, który pochodził z Żernicy. Był on synem sołtysa o nazwisku Pendzich. Około roku 1716 obok kościoła zostało zbudowane probostwo. W 1808 roku na żernickim rynku stanęła kaplica św. Jana Nepomucena.

W 1810 roku mocą wydanego w Berlinie edyktu nastąpiło zniesienie klasztoru w Rudach, a tym samym więzy Żernicy z cystersami zostały zerwane. W latach 1804 - 1822 w parafii administrował ostatni duszpasterz zakonu. Od 1822 roku posługę kapłańską w wiosce objęli księża diecezjalni. Nowi administratorzy, oprócz spraw duchowych, zadbali o zaplecze parafii. Z inicjatywy ks. Rinke powstały potrzebne kościołowi budynki: murowana stodoła, stajnie, obora. Proboszczowi F. Kromschmidtowi, Żernica zawdzięcza piękny park wokół kościoła, którego resztki przetrwały do czasów obecnych. W tragedii II wojny światowej parafianom dzielnie towarzyszył ks. E. Kiesling. W roku 1950 parafię objęło Zgromadzenie Misjonarzy Świętej Rodziny, które pełni swoją posługę po dzień dzisiejszy.

Pogarszający się stan drewnianego kościoła św. Michała Archanioła zmusił proboszcza do zbudowania kościoła zastępczego. Pod koniec lat 60. XX wieku w tajemnicy przed władzami świeckimi, ks. Stanisław Wieczorek razem z parafianami podjął się zaadoptowania na kościół farskiej stodoły. W uroczystość odpustową św. Michała Archanioła, 27 września 1970 roku, bp opolski Franciszek Jop dokonał poświęcenia nowego kościoła pw. Podwyższenia Krzyża Świętego. W połowie lat 70. Do kościoła została dobudowana dzwonnica, w której obecnie rozbrzmiewają dzwony ludwisarzy Felczyńskich. Ogromne zawilgocenie i zagrzybienie plebanii zdecydowało o budowie nowego budynku w 1980 roku. W 1997 roku bp Jan Wieczorek dokonał poświęcenia kaplicy pw. św. Jadwigi Śląskiej w Nieborowicach, a w 1998 roku parafia wzbogaciła się o piękną kaplicę cmentarną. Wielokrotnie podejmowane próby renowacji zabytkowego, drewnianego kościoła zostały ostatecznie uwieńczone sukcesem. W latach 1998 - 2008 dokonano gruntownej renowacji i konserwacji kościoła. Obecnie stanowi on piękny przykład drewnianej architektury sakralnej oraz unikatowych polichromii.