Przypuszczalnie osada założona została w pierwszej połowie XIII wieku przed przybyciem Cystersów w rejony Rud. Od końca XVI wieku zakonnicy rozwijali we wsi przemysł hutniczy co skutkowało powstaniem w tamtym okresie pierwszej kuźni. Cystersi w Stodołach pozostali do kasacji klasztoru przez króla pruskiego w 1810 roku.

Rozwój w okolicy przemysłu sprawił, że w drugiej połowie XX wieku wieś Stodoły wciągnięta została w granice miasta Rybnika. Ilość mieszkańców oscylująca w okolicach 600 plasuje dzielnicę Stodoły na samym końcu listy pod względem wielkości dzielnic miasta Rybnika.