Nie jest wiadomo, kiedy dokładnie został założony cmentarz żydowski w Krościenku nad Dunajcem.

W czasie II wojny światowej w masowym grobie na tym cmentarzu pochowano 130 ofiar masowych egzekucji z Krościenka, Szczawnicy i Ochotnicy dokonanych przez Niemców w kwietniu i czerwcu 1942 roku.

Przez kilkadziesiąt lat po wojnie cmentarz był zaniedbany i zapomniany. W 2018 roku dzięki inicjatywie i zaangażowaniu Dariusza Popieli oraz wsparciu finansowemu Fundacji Rodziny Nissenbaumów, Stowarzyszenia Żydowski Instytut Historyczny w Polsce oraz pomocy innych, przywrócono pamięć o tym miejscu. Wykonano pomnik poświęcony tragedii tutejszej Na terenie społeczności żydowskiej, zidentyfikowano i zabezpieczono masowe groby, ustawiono tablice informacyjno-edukacyjne. Cmentarz został ogrodzony.

Wskutek dewastacji z czasów II wojny światowej przez hitlerowców do naszych czasów zachowały się jedynie leżąca w trawie macewa z inskrypcjami w języku polskim i hebrajskim i Na fragment płyty z napisem „1928”. Wszystkie macewy znalezione po wojnie przetransportowano na teren cmentarza i ułożono w symboliczny kopiec.

Na terenie cmentarza znajduje się okazały i nie zniszczony, bazaltowy grobowiec Leopolda Krumholza, z napisami jedynie w języku hebrajskim. Jest to nagrobek bogatego kupca ze Szczawnicy, który wystawił jego syn.