Według późniejszego przekazu franciszkanie przybyli do Torunia w 1239 roku. W 1243 roku w klasztorze odbył się synod z udziałem legata papieskiego Wilhelma z Modeny, więc zapewne do tego czasu zdążono wznieść już jakieś zabudowania. Informacje o najstarszych pochówkach w kościele pochodzą z lat 70. XIII wieku. W ciągu XIII i XIV wieku rozbudowywano kościół i klasztor, a zakonnicy utrzymywali dobre stosunki z zakonem krzyżackim. Od początku XVI wieku można zaobserwować rosnące wpływy reformacji i spadek liczby nowych zakonników. W połowie XVI wieku przyległy do kościoła klasztor przeszedł na własność miasta. Od 1557 roku kościół był użytkowany przez protestantów. W 1565 roku umieszczono tutaj szkołę ewangelicką, którą w 1568 roku przekształcono w gimnazjum, które zreformowane przez Henryka Strobanda stało się szkołą o bardzo wysokim poziomie. Z kościołem związany był teolog i kaznodzieja luterański Piotr Artomiusz (w Toruniu od 1586 roku do śmierci w 1609 roku). Od XVI wieku w kościele byli chowani przedstawiciele patrycjatu Torunia wyznania ewangelickiego, po 1724 roku również polską szlachtę. W 1636 roku w kościele pochowano siostrę króla Polski Zygmunta III Wazy, Annę Wazównę, zmarłą w 1625 roku.

W wyniku tumultu toruńskiego z 1724 roku kościół odebrano luteranom i przekazano bernardynom. W 1798 roku rozebrano gotyckie bogato dekorowane szczyty nad nawami i potrójne dachy wznosząc obecny jeden dach dwuspadowy nad całym korpusem i nowe szczyty. Pierwotny wygląd szczytów i dachów jest znany dzięki rysunkom Georga Friedricha Steinera. W 1821 roku zakon bernardynów uległ kasacji, a kościół przeszedł w posiadanie parafii św. Wawrzyńca. Budynki klasztorne rozebrano rok później. 10 lat później kościół został siedzibą nowej parafii. Pod koniec XIX wieku przeprowadzono niezbędne prace remontowe przy kościele. Od lipca 1938 roku do września 1939 roku wikariuszem w kościele był bł. ksiądz Stefan Wincenty Frelichowski.